灾害管理是确保避难所持续运转的核心挑战。游戏内主要灾害包括匪徒入侵、火灾、蟑螂入侵等，每种灾害都有对应的预防和应对策略。关键在于提前规划房间布局、合理分配武器装备以及建立快速响应机制，这些措施能显著降低灾害带来的损失。
匪徒入侵是最常见的威胁之一，随着避难所人口增加，入侵者的攻击力和生命值也会提升。最有效的防御方式是在大门后方设置大型工厂，并安排6名装备6点以上攻击力武器的居民驻守。这种配置能快速消灭入侵者，同时获取他们掉落的装备资源。需入侵强度与避难所等级挂钩，因此武器升级必须同步跟进。
火灾通常发生在加班失败后的建筑中，也可能随机出现在任何房间。预防火灾需要定期检查电线老化情况，并在居住区配备灭火器。灾害发生时，应立即疏散居民至安全区域，使用灭火器控制火势。若火势失控，需切断该区域电力供应防止蔓延。满员房间通常能自行扑灭火灾，因此保持各建筑人员充足是基础防护手段。
蟑螂入侵是危害性最大的灾害，不仅攻击力强，还会在无人房间持续蔓延。应对措施包括为所有居民配备4点以上攻击力武器，并确保每个房间都有满编人员驻守。特别孕妇和儿童无法参与灾害应对，因此需控制各房间的孕妇数量，避免灾害发生时出现全员逃跑导致防御真空的情况。
需及时评估人员伤亡和设施损坏情况，修复受损区域并重建设施。阵亡居民可选择支付瓶盖复活或永久掩埋，但尸体存在会降低其他居民心情值。长期来看，建立训练设施提升居民属性，优化资源储备系统，以及制定分层防御策略，能从根本上增强避难所的抗灾能力。
