三国志战略版主将的选择直接关系到战斗的胜负和整体队伍的表现。优先选择拥有主将技能的武将，这类武将通常在主将位置能触发额外效果，例如曹操的乱世奸雄技能在主将位置可为副将回血。智力与统帅较高的武将更适合担任主将，因为高统帅能提升防御能力，而高智力可增强谋略输出或辅助效果。需注意战法搭配，锋矢、八门等对主将有加成的战法能进一步强化主将作用。
主将的兵种适应性也是关键考量因素。选择兵种适性达到S级的武将能最大化发挥兵种优势，例如骑兵S级武将搭配骑兵队伍可显著提升战斗力。速度属性虽不影响主副将出手顺序，但高速度主将能在某些战术中抢占先机。还需关注敌方阵容，若对方有针对主将的技能（如爆头队），则需灵活调整主将人选或配备防御型副将保护主将。
主将的阵营与队伍整体相性不可忽视。同阵营武将搭配可激活缘分加成，例如桃园结义组合的刘备、关羽、张飞同时上阵能获得额外属性提升。部分武将自带战法仅在主将位生效，如姜维的义胆雄心需主将位才能稳定削弱敌方属性。若多名武将需主将位，应优先选择技能效果更稳定或对团队增益更大的角色。
纯输出型主将需搭配防御型副将或减伤战法，避免被快速击杀；防御型主将则需确保队伍有足够输出手段。例如夏侯惇等高统率武将适合主将位承受伤害，但需搭配嘲讽类战法吸引火力。开荒期可选择关平等易获取的武将过渡，后期逐步替换为核心武将。
