击败四大天王并成为联盟冠军后，游戏并未结束。通关后系统会自动存档并回到真新镇，玩家可以继续探索未完成的图鉴收集、挑战隐藏区域或强化队伍。首要任务是前往七岛地区，通过枯叶市码头乘船前往。这些岛屿包含新的剧情和稀有宝可梦，例如一号岛的火焰鸟遗迹和七岛的超梦洞穴。完成岛屿任务需解决火箭队残余势力，并协助正辉博士修复通信机器。
通关后另一个重点是收集全部60种技能机器和隐藏道具。部分技能如破坏光线和精神干扰需在特定岛屿或通过NPC交换获取。隐藏道具如幸运蛋和焦点镜片分布在冠军之路、双子岛等复杂地形中，需使用秘传技能闪光或怪力探索。红蓝宝石任务也需在此阶段完成，通过击败火箭队干部获取宝石并激活南方岛屿的极冻鸟剧情。
队伍培养方面，可前往冠军之路或四岛刷取高等级野生宝可梦。冠军之路的训练家会重置对战状态，适合反复挑战以积累经验值。四岛的水域和山洞中出现的铁甲暴龙、快龙等稀有品种，是完善图鉴和组建对战队伍的关键。努力值训练推荐在三岛山洞刷土龙弟弟提升攻击，或21号水路刷蔓藤怪提升防御。
这些战斗难度高于四大天王，需搭配特性克制和技能组合。完成全部内容后，可通过联机交换或本地通信与其他玩家对战，检验队伍强度。游戏终局的核心目标是通过持续探索和战斗实现图鉴全收集与队伍极限化。
