进入隐秘之城的关键在于完成主线任务巨蛇之首后触发剧情，劳拉会被带到帕依提提的贫民区，需要跟随剧情指引穿过一系列洞穴和废墟。在贫民区触发与乌努拉图的对话后，正式开启隐秘之城探索。这一区域分为上下两层结构，上层是城市主体，下层包含水道和墓穴，需利用钩斧和绳索箭矢交替移动。
到达隐秘之城后，首要任务是寻找四个跳水地点完成挑战任务，这些跳水点分布在水道边缘或高层平台。最隐蔽的跳水点位于城市西北角，需从染坊屋顶通过绳索摆荡抵达。跳水时需注意调整落点，避免撞到岩石或建筑残骸。水道中藏有多个宝箱，需潜水探索并解开简易机关。
隐秘之城的古墓入口位于城市东北角的地下墓穴，需从营地旁岩壁攀爬进入。墓穴内部机关需转动三个接受光照的装置，顺序为接受-不接受-不接受，才能开启通道。解谜过程中劳拉会给出语音提示，注意聆听关键信息。墓穴深处有陷阱和独石碑，解读文字可获得宝藏线索。
城市最上方的库库尔坎神庙区域需要完成支线解救科尔奎后才能进入。该区域有两根绑绳子的柱子，需先用绳索箭矢连接机关，再借助转动的梯子攀爬至高层平台。若遇到无法前进的情况，可能是缺少必要工具，建议先推进主线获取登山镐强化部件。
隐秘之城的通道谜题需逆向思考，遵循想向上走先向下原则。从高塔底层启动机关，分三次攀爬至顶部：第一次连接底层转轮与木梁，第二次固定中层石磨机关，第三次在外墙连续跳跃。过程中需把握摆荡时机，当绳索呈现最大摆动幅度时松手可抵达最远平台。
完成所有探索后，务必返回七只金鸟石碑处收集翡翠。这些石碑散落在民居屋顶和树丛中，其中最难发现的位于流放者营地旁的枯树下。收集全部翡翠可解锁特殊奖励，但需确保已提升方言技能至3级才能解读石碑文字。
