巴巴罗萨战役是帝国时代2中以神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世为主线的历史战役，玩家需要面对多个欧洲势力的挑战。该战役共包含六个关卡，从统一德意志各公国到最终东征意大利，每关都有独特的战略难点和战术要求。战役初期需要快速建立经济基础并应对多方骚扰，中后期则考验大规模作战和资源调配能力。
第一关神圣罗马皇帝的核心目标是收集四个圣物。玩家初始位于地图中央，周围分布着六个敌对公国，包括奥地利、巴伐利亚和萨克森等。开局应立即用初始兵力压制最近的勃艮第势力，夺取其城镇中心并获取第一个圣物。其他公国会持续派出条顿骑士、弩手和投石车进行骚扰，需在城堡时代建立稳固防御。库曼雇佣兵是重要助力，花费黄金可换取骑射手和重型投石车支援。此关关键在于分阶段削弱周边势力，避免同时多线作战。
第三关教宗之争需要处理复杂的多势力关系。玩家初始拥有海军和陆军混合部队，必须立即将战舰沿特定航线避开敌方防御，同时陆军掩护僧侣夺取关键建筑。本关地形复杂，高低差明显，善用地形优势可大幅降低战斗损耗。经济方面需优先保障木材和黄金供应，前者用于维持海军力量，后者用于雇佣精锐部队。敌方会频繁使用僧侣招降战术，需提前研发相关抗性科技并配备轻骑兵反制。
第五关红胡子的行军是战役转折点，要求护送运输船穿越敌对区域。开局所有单位必须迅速登船撤离初始基地，在北方重建经济体系。此关资源分布分散，需优先占领金矿和石料区。敌方会从水陆两路发动攻击，海军应以炮舰为主配合少量爆破船，陆军需混合长枪兵和弩炮应对骑兵与攻城武器。建造奇观是获胜捷径，但需确保至少30分钟防御能力，建议在基地外围建造多层城墙和箭塔缓冲。最终关皇帝的葬礼具有强烈历史悲剧色彩。玩家需要在有限时间内突破多重防线，战术上可采用多批次冲锋消耗守军力量。骑兵单位是核心进攻力量，但需搭配攻城武器处理城墙和城堡。资源管理方面应当停止所有非必要建设，将剩余资源集中转化为军事单位。
